La tercera fue la vencida para Pumas de la UNAM que por primera ocasión comenzó con victoria su participación en la Copa Libertadores de América, tras imponerse 4-2 a Emelec, de Ecuador.
El conjunto universitario tuvo que esperar en su tercera aparición en el máximo torneo a nivel de clubes del Continente Americano para iniciar con el pie derecho, en un resultado que ilusiona a directiva, cuerpo técnico, plantel y afición.

Pumas fue capaz de golear al Emelec en el estadio Olímpico Universitario con anotaciones del argentino Ismael Sosa, el paraguayo Darío Verón, el uruguayo Gerardo Alcoba y un autogol de Byron Mina, para dejar inservibles los tantos de Ángel Mena.

Así Universidad Nacional se colocó en el primer lugar del Grupo 6 con tres unidades y mejor diferencia de goles respecto a Deportivo Táchira, que tiene la misma cantidad de puntos, sin sumar se quedaron Olimpia y Emelec.

En la edición del 2003, en el primer juego de Pumas en Libertadores dentro del Grupo 5, el equipo mexicano perdió 3-2 en un atractivo cotejo contra Gremio de Porto Alegre, disputado en suelo brasileño. En dicho certamen UNAM alcanzó los octavos de final.

En su segunda Copa Libertadores de América, en 2006, los auriazules también iniciaron su actividad en patio ajeno y cayeron 2-0 contra Nacional, de Uruguay en duelo del sector 6. En aquella ocasión Pumas firmó la peor participación de un cuadro mexicano en ronda de grupos al sumar un punto nada más.

Ahora en 2016, la escuadra dirigida por Guillermo Vázquez comenzó de diferente manera y con el deseo de trascender en el certamen.