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Jaguares de Chiapas se clasificó a liguilla en quinta posición con 28 unidades, donde una vez más buscará el tan ansiado título que busca desde que debutó en el máximo circuito en 2002.

En su corta vida en Primera División, Jaguares ha padecido de todo, desde estar cerca del descenso, cambio de dueño y de franquicia, así como disfrutar las mieles de una Copa Libertadores y ocho participaciones en liguilla.

Luego de un año de hacer su aparición en el futbol mexicano, en el 2003 sufrió ante la posibilidad de bajar de categoría y tuvo cerrada lucha por evitarlo contra el Puebla y el ahora extinto Colibríes de Morelos que finalmente descendió.

Una vez pasado ese susto que incluso provocó el llanto en la mayoría de sus jugadores de aquél entonces, logró su consolidación en el balompié nacional y en el 2004 tuvo lo que hasta el momento ha sido su mejor torneo.

En el Clausura 2004 logró hilar 17 partidos sin derrota y sumó 42 puntos de 57 posibles pero en lo que fue su primera liguilla le faltó experiencia y terminó por ser eliminado ante Cruz Azul en cuartos de final.

Luego de esa temporada de ensueño vinieron los cambios de dueño en 2010 y con ello una mejoría en todos los aspectos al grado de alcanzar su participación por primera vez en la Copa Libertadores de América por su buen torneo en el Clausura 2011.

Para el 2013 se anunció su desaparición para llevarse la franquicia a Querétaro lo que provocó el reclamo de la afición pero el cambio se da aunque dura muy poco ya que el equipo San Luis se trasladó a Chiapas y la ciudad volvió a tener futbol.

Así, luego de tener unos torneos de altibajos con esta nueva franquicia, el cuadro chiapaneco volverá a estar en una liguilla, la novena en su corta historia, pues gracias al buen torneo que tuvo bajo el mando de Sergio Bueno disputará la del Apertura 2014.

Cabe señalar que de este equipo han salido jugadores que han destacado en otros equipos tanto de México como del extranjero entre ellos Salvador Cabañas, en América, y Jackson Martínez en el Porto de Portugal.